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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  46 lines
  1. **************************************
  2. * Beta-lactamases class B signatures *
  3. **************************************
  4.  
  5. Beta-lactamases (EC 3.5.2.6) [1,2]  are enzymes  which catalyze the hydrolysis
  6. of an amide bond in  the  beta-lactam ring  of  antibiotics  belonging  to the
  7. penicillin/cephalosporin  family.  Four  kinds  of  beta-lactamase  have  been
  8. identified [2].  Class-B enzymes are zinc containing proteins whilst class -A,
  9. C and D enzymes  are  serine hydrolases.  Class-B  beta-lactamases  have  been
  10. described in  several  gram-negative bacterial species; they seem to share the
  11. characteristic of  being  able to hydrolyze carbapenem compounds which are new
  12. beta-lactam antibiotics of great therapeutic potential.
  13.  
  14. There are a number of conserved regions in the sequence of known class-B beta-
  15. lactamases [3]. Some of them are centered on residues known [4] to be involved
  16. in binding  a  zinc  ion  essential  for  the  enzyme's catalytic activity. We
  17. designed two  signature  patterns for this class of enzyme. The first contains
  18. two residues involved in binding the zinc ion as well as a conserved aspartate
  19. residue which  seems  [5]  to  function  as  a  general  base in the catalytic
  20. mechanism. The second pattern contains a cysteine which is also a zinc ligand.
  21.  
  22. -Consensus pattern: [HN]-x-H-[GSTA]-D-x(2)-G-G-x(7)-G
  23.                     [H/N and H are zinc ligands]
  24.                     [D is a putative active site residue]
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  26. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  27.  
  28. -Consensus pattern: P-x(3)-[LIVM](2)-x-G-x-C-[LIVM](2)-K
  29.                     [C is a zinc ligand]
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  31. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  32.  
  33. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  34.  
  35. [ 1] Ambler R.P.
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  46.